С какой целью в стенах помещений делают вертикальные трубы-колодцы, соединённые отверстиями с комнатами? Где размещаются эти отверстия?

Это вентиляционные каналы. Чаще всего они размещаются в помещениях с запахами или влажностью (кухни, ванные, сан узлы). Размещаются вверху (теплый воздух поднимается вверх) и выводятся на крышу для удаления воздуха во вне.