Почему после союза но не должна стоять запятая?? В такие минуты родятся особенно чистые,легкие мысли,но(,) они тонки,прозрачны,словно паутина,и неуловимы словами.

Союз но - сочинительный, противительный. Он в этом сложносочиненном предложении  противопоставляет одно простое предложение другому. Запятая после но неуместна.